La escasez de lluvias en la ciudad de Cochabamba convirtió a la Laguna Alalay en un desierto. El verano Cochabambino llega con temperaturas altas y sol fuerte, pero los días lluviosos se retrasan resultando en la sequia de dicha Laguna. Aparte de que los niveles de agua son mínimos, se aumentan los malos olores, procediendo a quejas de vecinos zonas residenciales de la Laguna Alalay. Por la falta de agua, las aves migratorias desaparecieron.
Erick Martínez, biólogo, explicó que una razón más, aparte de la poca precipitación que recibe la ciudad, es también por la alta evaporación del agua que se esta aumentando en regiones de los valles andinos. La Laguna Alalay tiene aproximadamente 40 por ciento de agua y este porcentaje va disminuyendo.
Recientemente el Comité de Recuperación, Mejoramiento y Preservación de la laguna Alalay (Crempla), dio luz al tema del proceso de recuperación de la laguna a una consultoría para el dragado que tendrá un costo de Bs. 30 millon.